A doktori iskolának nyolc doktori programja van: Alkalmazott Ökológia Program, Botanika Program, Evolúció- és Diverzitásbiológia Program, Fermentációs Biotechnológiai és Biomérnöki Program, Funkcionális és Restaurációs Ökológia Program, Hidrobiológia Program, Kvantitatív és Terresztris Ökológia Program, Növénybiológia és Biotechnológiai Program.
Alkalmazott Ökológiai doktori program
Az Alkalmazott Ökológiai doktori program felvállalja az MSc képzésben elsajátított általános és alkalmazott környezettudományi, ökológiai és környezetanalitikai tudás és készség alkalmazását és továbbfejlesztését a képzés keretében. A program lehetőséget biztosít a hazai és nemzetközi környezetvédelmi és természetvédelmi problémák kezelését célzó kutatásokba való bekapcsolódásra. A környezetvédelem területén a program kiemelt figyelmet szentel az alkalmazott környezetanalitikai vizsgálatokra, míg a természetvédelem területén a gyakorlati természetvédelemben is alkalmazható, felhasználható kutatásokra, külön hangsúlyt fordítva az alkalmazott agrárökológiai, az alkalmazott erdészeti ökológiai és az alkalmazott urbánökológiai kutatásokra. A program bázisát az Ökológiai Tanszék adja, szoros együttműködésben a társtanszékekkel (Hidrobiológiai Tanszék, Műszeres és Környezetanalitikai Részleg), a Magyar Tudományos Akadémia Ökológiai Kutatóközpontjával és az állami környezetvédelmi és természetvédelmi intézményekkel (a Megyei Kormányhivatalok Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főosztályai, valamint a Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság).
Botanika doktori program
A Botanika doktori programon belül a Debreceni Egyetemen a jelentős múltra visszatekintő, korunk lehetőségeinek és kihívásainak megfelelő, széleskörű növénytani képzés folyik. A programon belül a következő témacsoportokon belüli doktori képzésre van lehetőség: Antropogén élőhelyek természeti értékei; Molekuláris taxonómiai, filogenetika és filogeográfia; Természetes és indukált növényi sejthalál folyamatok elemzése növénycitológiai, szövettani és enzimológiai vizsgálatokkal; Vegetációdinamikai vizsgálatok, zuzmó diverzitás és dinamika; Növényi ökofiziológia; Terjedésbiológia; Herbáriumok szerepe hosszú távú folyamatok dokumentálásában. A programhoz kötődik az MTA-DE Lendület Evolúciós Filogenomikai Kutatócsoportja.
Evolúció- és diverzitásbiológia doktori program
Az Evolúció- és diverzitásbiológia doktori programban zajló oktatás és kutatás fő célja a természetes szelekció, az evolúció működésének, az adaptív jellegek kialakulásának minél mélyebb megértése, megismerése. Törekszünk az élővilág változatosságának felmérésére, evolúciós következményeinek feltárására, és az evolúciós folyamatok változatosságot generáló hatásainak megismerésére. Kurrens kutatási irányunk az adaptív jellegek mögötti fiziológiai mechanizmusok vizsgálata, e mechanizmusok evolúciójának kutatása. Munkánkat számos kutatási pályázat támogatja (köztük az MTA-DE Viselkedésökológiai Kutatócsoport és A környezet, demográfia és a gének jelentősége a nemi szerepek evolúciójában c. Élvonal pályázat), több jelentős külföldi és hazai intézménnyel működünk együtt.
Fermentációs Biotechnológiai és Biomérnöki program
A Fermentációs Biotechnológiai és Biomérnöki program célja a régió és az ország ipari biotechnológiai kutatással, fejlesztéssel, innovációval és termeléssel foglalkozó kutatóhelyei, szolgáltatói és vállalatai számára magasan képzett szakember-utánpótlást biztosítani. Várjuk mindazon hallgatók jelentkezését, akik korszerű, alapvetően molekuláris szemléletű ismeretek megszerzését tűzik ki célul a biomérnöki géptan és művelettan, valamint a mikrobiális élettan és biotechnológia területén. A program három fő területre fókuszál: (1) a szénforrás lebontás szabályozása gombákban, (2) szerves savak (citromsav, itakonsav) túltermelésének műszaki és biológiai háttere gombákban, (3) speciális RNS-struktúrák vizsgálata és jellemzése.
Funkcionális és Restaurációs Ökológiai program
A Funkcionális és Restaurációs Ökológiai program felvállalja graduális képzés során elsajátított az élőlényközösségek működésével és helyreállításával kapcsolatos ismeretek diszciplína-független, integrált fejlesztését. A program kiemelt fontossággal kezeli a szárazföldi és vízi élőlényközösségek működésének és helyreállításának vizsgálatát és segítséget nyújt az ezekbe a kutatásokba történő bekapcsolódásra. A program bázisát azon kutatók adják, akik vizsgálataik során nagy hangsúlyt fektetnek a szárazföldi és közösségek funkcionális alapú megismerésére illetve kutatásaikban nagy hangsúlyt helyeznek a biodiverzitás eltérő szinteken zajló helyreállítására. A program alapvető megközelítése a természetes közösségek működésének megismerése és a helyreállításuk lehetőségeinek vizsgálata mely kiváló lehetőséget nyújt az állami környezetvédelmi és természetvédelmi intézményekkel folytatott szoros együttműködésre. A program bázisát az MTA-DE Lendület Funkcionális- és Restaurációs Ökológiai Kutatócsoport képezi.
Hidrobiológia doktori program
A Hidrobiológia doktori program keretében a Pannon-ökorégió vízi (akvatikus) és a vizes (szemiakvatikus) élőhelyeit benépesítő élőlényekkel és élőlényegyüttesekkel kapcsolatos alap- és alkalmazott kutatások bővítését valósítjuk meg. A programba bekapcsolódó hallgatók oktatása és képzése terén kiemelt szerepet szánunk az élőlényfajok és élőlényegyüttesek populációs és társulás szintű megismerésének, előfordulási sajátosságaik feltárásának, az azokat befolyásoló és/vagy meghatározó tényezők megállapításának, a szerkezeti (strukturális) és a működési (funkcionális) összetételt szabályozó folyamatok értelmezésének.
A program bázisát a Hidrobiológiai Tanszék képezi, de az oktatási és képzési feladatokat – a program országos hatósugara miatt – szoros együttműködésben látjuk el a társtanszékeken (Ökológiai, ill. Növénytani Tanszék) kívül számos külső kutatóhellyel (elsősorban az MTA ÖK Balatoni Limnológiai Kutatóintézetével és Duna-kutató Intézetével, ELTE Mikrobiológiai Tanszékével) és színvonalas szakmai munkát folytató gyakorlati intézménnyel (mint pl. BioAqua Pro Kft., Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság, Közép-Tisza-vidéki Vízügyi Igazgatóság, Felső-Tisza-vidéki Vízügyi Igazgatóság).
Kvantitatív és Terresztris Ökológia doktori program
A Kvantitatív és Terresztris Ökológia doktori program keretében modern ökológiai kutatások folynak, amelyekben a kvantitativitásnak, a modell építésnek, tesztelhetőségnek és kiemelt szerep jut. A program bázisát a Debreceni Egyetem Ökológia Tanszéke és az MTA-DE Biodiverzitás Kutatócsoport képezi, szoros együttműködésben a társtanszékekkel, számos hazai és külföldi kutatóhellyel és egyetemmel. A kutatási témák spektruma rendkívül széles a gyakorlati jelentőséggel bíró biodiverzitás monitorozás kvantitatív ökológiai hátterétől a specifikus, közösség-ökológiai modellezésig. A terepi kutatásokhoz kötődő témák a konzervációbiológia és restaurációs ökológiai kutatásoktól az urbanizációs kutatásokig sok témát felölelnek. A kutatások hátterét jelentik a nemzetközi LTER (hosszú távú ökológiai kutatások) projektek is.
Növénybiológia és biotechnológiai doktori program
A Növénybiológia és biotechnológiai doktori programon belül a Debreceni Egyetemen a korunk kihívásainak megfelelő, széleskörű növénybiológiai képzés folyik. A programon belül a következő témacsoportokon belüli doktori képzésre van lehetőség: Növényi sejt- és fejlődésbiológia; Növényi szövettenyészetek előállítása és azok biotechnológiai alkalmazása; Növényi mikrobiom és metabolom összefüggésének kutatása; Mikroalgák metabolit-termelése; variabilitás és funkció.